Les experts continuent à chercher l'origine du COVID-19 : pourquoi est-ce une préoccupation ?

L'épidémie actuelle de COVID-19 est causée par un nouveau coronavirus (SARS CoV-2) qui se propage parmi les humains. La première infection humaine a été enregistrée fin décembre 2019 à Wuhan, dans la province de Hubei, en Chine, où 41 cas de pneumonie ont été identifiés. Une analyse plus approfondie a montré qu'il s'agissait d'un nouveau cas de coronavirus.

Un tiers des cas - 66 % - ont eu une exposition directe au marché des fruits de mer de Wuhan. On y vendait du poisson, des fruits de mer, des animaux sauvages, des serpents, des oiseaux et différents types de viande et d'animaux morts. Le marché a fermé immédiatement et n'a pas été ouvert depuis lors.

Les scientifiques du monde entier ont travaillé sans relâche pour identifier l'agent pathogène à l'origine de cette nouvelle maladie. 
 
Les informations qui ont fourni les premiers indices ont été publiées à la mi-janvier 2020, lorsque le séquençage de l'ensemble du génome du nouveau coronavirus à partir d'un échantillon de patient a été publié. Cela a montré que c'est un nouveau coronavirus -SARS-CoV2- appartenant au même groupe que le coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV) qui a causé l'épidémie de SARS en 2003.

Mais le nouveau virus était sensiblement différent et soulevait des questions sur son origine. La théorie qui a gagné en force est que le virus est en quelque sorte lié au marché, puisque les deux tiers du premier groupe de personnes infectées avaient un lien avec lui. Mais cette hypothèse n'a pas encore été testée. Et des recherches plus approfondies indiquent que le premier patient - qui a commencé à avoir des symptômes début décembre 2019 - n'avait aucun lien avec le marché, ni avec les autres patients.

Il reste encore plusieurs questions à résoudre. Mais surtout, il n'y a pas de données claires sur l'origine de l'épidémie. Il est crucial d'enquêter sur la source de la maladie car il est essentiel de savoir qui ou quoi a infecté le « patient zéro ». La compréhension des circonstances spécifiques, y compris le comportement et les activités humaines, qui ont conduit à cette pandémie peut fournir des indices sur les facteurs de risque de futures flambées.

Il y a eu beaucoup de spéculations sur l'origine du nouveau coronavirus. Peu après l'identification des premiers cas, un certain nombre de théories sont apparues. Parmi eux, il y en a un qui affirme que le virus a été créé dans le laboratoire du Centre de contrôle et de prévention des maladies de Wuhan. Plusieurs scientifiques de renom ont signé une déclaration condamnant « les conspirations qui suggèrent que le COVID-19 n'a pas d'origine naturelle ».  

De même, la théorie selon laquelle le virus proviendrait des serpents a été réfutée. 
 
Les premiers rapports suggérant une association entre le marché, les animaux et le nouveau coronavirus ont encouragé l'émergence de ce type de fausses informations. Cela n'a jamais été prouvé. 
 
Cependant, c'est un domaine de recherche sur lequel les scientifiques continuent de travailler. Les chauves-souris, en particulier, ont fait l'objet d'études approfondies car elles sont considérées comme l'hôte naturel des coronavirus.

Des recherches antérieures ont montré que la plupart des coronavirus pathogènes pour l'homme, y compris le SARS-CoV et le MERS-CoV, ont des virus génétiquement similaires chez les chauves-souris. Cette espèce crée un réservoir de virus qui peut se propager quand et où l'occasion se présente, le plus souvent à un hôte animal intermédiaire, puis à l'homme.

Par exemple, des études de biosurveillance axées sur la recherche de l'origine du coronavirus du SARS ont montré que le virus le plus étroitement apparenté était celui du Grand rhinolophe fer à cheval (Rhinolophus spp.), une espèce de chauve-souris en Chine. Les civettes étaient les hôtes intermédiaires qui infectaient les humains. 
 
De nouvelles données ont été publiées récemment, montrant une relation étroite - plus de 96 % de similitude - entre un virus présent dans un échantillon du Grand rhinolophe fer à cheval prélevé dans le Yunnan et le SARS CoV-2.

Une deuxième étude a fait état d'une similarité - 89 % - entre le SARS CoV-2 et un groupe de coronavirus de type SARS précédemment trouvés chez les chauves-souris en Chine. Mais ces similitudes ne sont pas suffisantes pour identifier le virus responsable de l'épidémie actuelle. 
 
Une question clé est que, bien que la similarité semble élevée, le taux de mutation des coronavirus est compliqué. À la complexité de l'histoire s'ajoute une forte probabilité qu'un hôte intermédiaire fasse partie de l'équation. Cette idée découle du fait que la plupart des virus provenant des chauves-souris sont présents en faible nombre chez ces mammifères et doivent infecter un tiers avant de pouvoir atteindre les humains.

Par exemple, lors de l'épidémie de SARS-CoV de 2002/2003, les civettes ont été identifiées comme hôtes intermédiaires. Lors de la dernière épidémie, les pangolins ont été ciblés. Mais cette théorie présente de grandes lacunes, car le coronavirus identifié dans les pangolins n'a que 90 % de similarité avec les virus humains.

Parfois, trouver l'origine d'un virus peut se traduire par des actions préventives très simples. Par exemple, les scientifiques ont identifié une chauve-souris frugivore au Bangladesh comme l'hôte naturel du virus Nipah, qui peut provoquer une maladie respiratoire aiguë et une encéphalite mortelle.  Les chercheurs ont découvert que l'urine des chauves-souris était porteuse du virus.  Les gens ont été infectés lorsqu'ils ont consommé de la sève de palmier dattier crue qui contenait de l'urine de chauve-souris.

Les interventions comprenaient des campagnes d'éducation visant à décourager l'utilisation de cette substance. Les gens étaient également encouragés à fermer les conteneurs de collecte pour éviter que la sève ne soit contaminée par l'urine des chauves-souris. 
 
Les actions requises seront différentes pour chaque virus et chaque lieu géographique. Mais des données virologiques, épidémiologiques et anthropologiques de base sur les foyers connus sont désespérément nécessaires pour atténuer les problèmes d'éventuels foyers futurs.